明末之前，中国伊斯兰教既无派别之争，也无门宦之斗，除塔吉克族信仰什叶派和极少数维吾尔族人信仰十二伊玛目派外，其他都属于逊尼派。从教法教律上看，除新疆有少数人遵循沙婓仪教法学派外，其他都属哈乃斐教法学派。明末清初，随着伊斯兰教苏菲主义的传入，中国西北地区各自独立的大小派别和门宦相继出现，并得到迅速发展。其中以格迪目、伊赫瓦尼、西道堂等三大教派和库布林耶、戛迪林耶、虎非耶和哲赫林耶等四大门宦影响较大。
三大教派
1、格迪目：格迪目，亦译作“阁底木”，意即“老教”、“古行”、“遵古派”等，它是中国伊斯兰教中流传较早、传播广泛、信众较多、影响较大的派别。因固守唐宋以来穆斯林世代相承的教义思想、礼仪制度，故名。格迪目派信奉逊尼派教义思想，以《古兰经》为其宗教思想基础，遵守“六大信仰”、“教门原根八件”和传统的礼制。对其他教派、教法学派均表示尊重，持宽容态度；对中国社会流行的各种宗教也能和平相处。历经唐、宋、元、明、清，自成一家，我行我素，具有一定正统思想与保守性，是中国伊斯兰教的主流派别。格迪目派的主要特点为：（1）严格恪守伊斯兰教的基本信仰和“天命五功”，因袭前人的传统。（2）实行教坊制。（3）经堂教育。（4）开展“以儒诠经”的译著活动。
此外，格迪目也受到什叶派的某些影响，它把苏菲的道乘修持看作副功，不崇拜圣徒、圣墓，但也不断然反对；在礼俗方面也受到汉族的一些习俗的影响。
2、伊赫瓦尼：伊赫瓦尼意为“兄弟”。又称“艾赫勒·逊奈”意即“遵经派”，其他教派则多以“新行”或“新兴派”相称。19世纪末，由甘肃河州（今宁夏回族自治区）东乡族著名阿訇马万福等创立。伊赫瓦尼派的主要主张是：
（1）在宗教攻修方面，严格履行“念、礼、斋、课、朝”，遵行经训及教法的规定，不符者都应革除；
（2）认为念《古兰经》和“清真言”、“作证词”都是为了“认主”、“证主”和“畏主”，不是祷告和祈愿；为教民举行宗教活动念经时，不能收“乜贴”，教众也不应为念经而宰牲备饭，更反对在念经时，点烧香烛；
（3）主张礼拜中起指（拜中跪坐默念“证词”时，要举行右手食指，表示认主独一的信念）是圣行，反对念“讨白”时起指；
（4）主张用阿拉伯语默念“立意词”，并且要明白“立意词”的含义，否则用汉语举意，同时反对未行割礼的人率众礼拜；
（5）主张不仅阿訇才能给临终的人念“讨白”，凡懂得教义的一般穆斯林都能给临终的人“提念”，而由本人自己祈祷赎罪；反对在亡人时念“塔哈章”（《古兰经》第二十章章名）；
（6）反对为亡人宵夜、晨时念“亥听”以及七日、四十日、百日、周年等忌日念经，主张遵照“圣行”只在主麻日祈祷，纪念亡人；反对为亡人披麻戴孝和高声嚎哭；
（7）主张妇女必须戴盖头，限制妇女抛头露面，参加社交；
（8）诵读《古兰经》时，只能一人念，众人听，反对众人同时诵念；
（9）反对朝拜拱北和崇拜教主；
（10）不用《古兰经》给亡人转“费底耶”（阿拉伯意译，意为“罚牍”。指由死者亲属代亡人赎罪、祈求真主恕饶生前所缺的宗教功课和所犯的过失。是中国穆斯林丧葬仪式之一。）
3、西道堂：初为金星堂，后改为西道堂。因以中国伊斯兰教著名学者刘智等人的汉文译著为依据，“以本国文化发扬清真教学理”，故又称汉学派。20世纪初，由马启西（1857-1917年）创建于甘肃省临潭县旧城镇。其发展经历了3个阶段：（1）创传时期（1902-1917年）。（2）全盛时期（1918-1946年）。（3）衰落时期（1947-1958年）。西道堂信奉逊尼派教义及哈乃婓学派教法。
其信仰和礼仪的特点为：（1）强调“认主独一”、“顺主顺圣”、“遵经依训”，履行“天命五功”，并以刘智等人的汉文译著为宣教依据。（2）教统结构具有门宦制的特点，实行教主统管制，教主既是宗教领袖，又是道堂内世俗生活的总管；（3）组织形式，分集体户和个体户两种。（4）道堂内实行集体生活，教众的衣、食、住和婚、丧葬费用全部由道堂统一支付；（5）提倡学文化，出资创办启西女校、旧城二校，兴办中学，鼓励道堂内和当地各族男女学龄儿童上学，学习文化。西道堂的信众主要散居在甘肃临潭县旧城镇和政县台子街和青海省民和县马营等地。